La història del Col·legi Sant Agustí de Palma de Mallorca es va iniciar en 1890 amb l'arribada de l'Ordre Agustiniana, després de l'exclaustració. Va començar a funcionar al novembre de 1892, en unes cases veïnes a l'església del Socors. En 1894 es va col·locar la primera pedra del nou i actual edifici, segons plànols de l'agustí Fr Santiago Cunyat, estant disponible per ocupar-lo, fins i tot si estar acabat l'edifici en el curs 1895-1896.

Durant aquests anys de final del segle XIX i començaments del segle XX va ser un col·legi capdavanter a la ciutat de Palma de Mallorca, amb el reconeixement ple de la seva qualitat educativa per part de la societat mallorquina. Circumstàncies adverses de tensions sociopolítiques i religioses van obligar al tancament del col·legi de 1920 a 1927, reprenent amb tota il·lusió la tasca educativa.

Una nova conjuntura històrica -la de la segona república i la guerra civil espanyola- va fer que el centre patís un nou parèntesi en la seva història.

 A partir de l'any 1963 s'obre una nova etapa fins als nostres dies, on el col·legi ha viscut moments de profundes reformes i adaptacions, segons les normatives de les lleis d'educació. A partir de l'any 1975 va començar a funcionar com a centre mixt.

Entre els anys 1988 i 1990 es van realitzar obres d'ampliació, en poder disposar del pis alt de la façana principal pel carrer Mateu Enric Lladó, fins llavors destinat a habitatge de la comunitat religiosa. Això va permetre una ampliació d'aules i un augment de l'escolaritat.

Al llarg de la seva història ha impartit cursos en els nivells propis dels centres d'ensenyament d'infantil, primària, secundària i batxillerat. Avui és un centre concertat amb sis unitats en Educació Infantil, tretze en Educació Primària i vuit a Educació Secundària.